拠点を臨時の海軍基地として管理運営する組織である。純粋な陸戦隊ではなく、艦艇部隊・燃料廠などの港湾部門・設営隊などを有しているが、基地防衛任務のために陸戦隊の一種である警備隊や防空隊も隷下に収めている。例えばビアク島駐留の第28特別根拠地隊は、第18警備隊・第19警備隊などを有した。タラワ島駐留の第3特別根拠地隊のように、根拠地隊直轄の地上戦闘員を有する場合もある。マニラの戦いの中心となった「マニラ海軍防衛隊」は、第31特別根拠地隊を基幹部隊としていた。
鎮守府・要港部などの防備隊の一部として置かれたものもあった。
太平洋戦争期には、各鎮守府の海兵団から実戦機能を独立させて陸上警備隊が編成された。
大地震・反乱などの事件に際し、近在の海軍官衙・学校の要員で治安任務の陸戦隊を臨時に編成したこともあった。
太平洋戦争後期には、拠点防衛のため、通信隊や飛行場要員、設営隊などを現地で再編成して陸戦隊とした例が多く見られたが、武器も訓練も著しく不足しており戦力は低かった。部隊名称としては、所在地の地名を冠して「マニラ海軍防衛隊」というような呼称が多い。
小銃や機関銃、擲弾筒、速射砲などの主要火器は、陸軍と共通であった。海軍独自の装備としては、ベルグマン短機関銃や水陸両用戦車である特二式内火艇、上海事変で活躍したヴィッカース・クロスレイ装甲車などがあるほか、25mm機銃など陸揚げした艦載火器を装備することも多かった。特別陸戦隊の装備火器を日本陸軍の同規模部隊と比べると、大口径の機関銃や装甲戦闘車両などが比較的充実していた。
服装は艦上勤務と同じセーラー服であったが、野戦用には色彩が目立ちすぎたため、日露戦争時などには臨時にカーキ色に着色するなどの措置がとられた。その後、1933年に青褐色と称する緑色の陸戦隊用被服が採用された。この陸戦服は1942年には略装として陸戦隊以外の海軍部隊でも広く用いられるようになり、1944年8月には海軍全体の陸戦隊化が進む中で第三種軍装として常用されることとなった。第一次上海事変以降に使用するようになったヘルメットは基本的に陸軍と同じものだったが、水筒などその他の装具は海軍独自のものが多い。装具の多くは長距離行軍などの本格的な野戦を想定した設計では無かったため、太平洋戦争中にはしばしば不具合が発生した。
上陸用舟艇としては、第二次世界大戦期には陸軍開発の大発や小発を特型運貨船と称して装備している部隊があった。太平洋戦争中には、アメリカ海兵隊のLVTに相当する水陸両用車である特四式内火艇が少数配備された。
なお、識別マークとしては「錨」の意匠が使用されたほか、車両には軍艦旗が描かれていることが多い。部隊旗としては軍艦旗を用いる。
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海軍陸戦隊は、主に兵科を主体とし、これに機関科、工作科、衛生科、主計科など必要な専門家を加えて編成した。兵に対しては海兵団での基礎教育として陸戦教練が一応行われていたが、小銃の射撃動作や行軍程度の初歩的なものであった。より本格的な教育は海軍砲術学校の一課程で行われており、太平洋戦争中には砲術学校から分離独立した陸戦専門の実施学校である館山砲術学校も設立された。幹部教育は、兵学校で中隊以下の小部隊運用について基礎教育がされた後、砲術学校で専門教育を受ける者がおり、陸戦専攻も少数ながら存在した。砲術学校の陸戦術担当教官や陸戦専攻学生は、陸軍に派遣されての教育も受けていた。
特別陸戦隊の要員に対しては、小銃から戦車に至るまでの各種武器の取り扱い教育が幅広く行われていた。大発による上陸作戦の訓練もされている。ただ、各特別陸戦隊(大隊規模)ごとの運用を想定した訓練・研究にとどまり、それ以上の大規模な部隊行動の研究はあまり行われなかった。
館山砲術学校には化学兵器科も設置され、化学戦教育も行われた。